ในปี พ.ศ. 2538 มหาวิทยาลัยนเรศวร ได้เห็นชอบให้คณะแพทยศาสตร์ โดยภาควิชาเวชศาสตร์ชุมชน พัฒนาหลักสูตรและเปิดสอนหลักสูตรสาธารณสุขศาสตรบัณฑิต (ต่อเนื่อง 2 ปี) และต่อมาในปี พ.ศ. 2540 ได้รับอนุมัติให้เปิดสอนหลักสูตรสาธารณสุขศาสตรบัณฑิต (ภาคปกติ 4 ปี) โดยดำเนินการจัดการเรียนการสอน ร่วมกับวิทยาลัยการสาธารณสุขสิรินธร จังหวัดพิษณุโลก ในปี พ.ศ.2545 ได้เปิดสอนหลักสูตรในระดับบัณฑิตศึกษา  หลักสูตรสาธารณสุขศาสตรมหาบัณฑิต ทั้งแผน ก และแผน ข ในจังหวัดพิษณุโลกและจังหวัดพะเยา

ในปี พ.ศ. 2546 คณะสาธารณสุขศาสตร์ ได้รับความเห็นชอบให้จัดตั้งขึ้นตามมติสภามหาวิทยาลัยนเรศวร ในคราวประชุมครั้งที่ 107/(3/2546) วันที่ 31 พฤษภาคม 2546 โดยมีมติให้เริ่มดำเนินงานในรูปแบบคณะฯ ตั้งแต่วันที่ 1 ตุลาคม 2546 เป็นต้นมา เพื่อรองรับการผลิตบัณฑิต สาขาวิชาสาธารณสุขศาสตร์ ทั้งระดับปริญญาตรี และระดับบัณฑิตศึกษา (ระดับปริญญาโทและเอก) โดยมุ่งเน้นความเป็นผู้นำด้านวิชาการ และบริหารงานสาธารณสุขแนวใหม่ รวมทั้งการวิจัยเพื่อการพัฒนาและการหาความรู้ และนวัตกรรมใหม่ ๆ เพื่อแก้ปัญหาทางด้านสุขภาพ และตอบสนองความต้องการของสังคม

ในปี พ.ศ. 2549 คณะสาธารณสุขศาสตร์ มีสำนักงาน อยู่ที่ชั้น 1 อาคารเรียนรวมคณะพยาบาลศาสตร์ มหาวิทยาลัยนเรศวร และมีจัดการเรียนการสอนในหลักสูตรด้านสาธารณสุข  จำนวน 6 หลักสูตร คือ 1.หลักสูตรสาธารณสุขศาสตรบัณฑิต (ต่อเนื่อง) 2.หลักสูตรสาธารณสุขศาสตรบัณฑิต 3.หลักสูตรวิทยาศาสตรบัณฑิต สาขาวิชาสาธารณสุขศาสตร์ 4.หลักสูตรการแพทย์แผนไทยประยุกต์บัณฑิต 5.หลักสูตรสาธารณสุขศาสตรมหาบัณฑิต และ 6.หลักสูตรสาธารณสุขศาสตรดุษฎีบัณฑิต

ในปี พ.ศ. 2551 คณะฯ ได้ดำเนินการปรับปรุงหลักสูตรและจัดทำหลักสูตรใหม่ จำนวน 2 หลักสูตร คือ

1. หลักสูตรวิทยาศาสตรบัณฑิต สาขาวิชาอาชีวอนามัยและความปลอดภัย

2. หลักสูตรสาธารณสุขศาสตรมหาบัณฑิต สาขาวิชาการจัดการบริการสุขภาพปฐมภูมิ

ในปี พ.ศ.2553 คณะสาธารณสุขศาสตร์ โดยได้มีดำเนินการปรับปรุงและพัฒนาหลักสูตรอย่างต่อเนื่อง และปัจจุบันมีการจัดการเรียนการสอน

จำนวน 8 หลักสูตร คือ

หลักสูตรสาธารณสุขศาสตรบัณฑิต สาขาวิชาอนามัยชุมชน

หลักสูตรสาธารณสุขศาสตรบัณฑิต สาขาวิชาการจัดการผู้สูงอายุ

หลักสูตรการแพทย์แผนไทยประยุกต์บัณฑิต

หลักสูตรวิทยาศาสตรบัณฑิต สาขาวิชาอนามัยสิ่งแวดล้อม

หลักสูตรวิทยาศาสตรบัณฑิต สาขาวิชาอาชีวอนามัยและความปลอดภัย

หลักสูตรสาธารณสุขศาสตรมหาบัณฑิต

หลักสูตรสาธารณสุขศาสตรมหาบัณฑิต  สาขาการจัดการการบริการสุขภาพปฐมภูมิ

หลักสูตรสาธารณสุขศาสตรดุษฎีบัณฑิต